La historia se sitúa como una continuación alternativa a los eventos de Shadow Moses, con Solid Snake, Meryl Silverburgh, Mei Ling y Roy Campbell realizando futuras misiones como unidad FOXHOUND, aunque esta no se considera parte del canon principal de Metal Gear. En 1999, McFarlane Toys, en colaboración de Konami, chaqueta psg lanzó una serie de figuras de acción de personajes claves de Metal Gear Solid.